Génétique clinique

Le centre de génétique est l’un des centres leader au niveau international dans la recherche sur les anomalies du développement. Ces maladies rares, qui touchent 3% des naissances, comprenant les malformations associées ou non à des troubles des apprentissages, représentent un problème majeur de santé publique par les complications chroniques et sévères, le handicap et parfois le risque vital qu'elles peuvent entraîner.
Cette thématique de recherche a initialement émergé des efforts qui ont mené à la labellisation en 2006 du Centre de Référence Maladies Rares « anomalies du développement et syndromes malformatifs de l’Interrégion Est », coordonné par le Pr Laurence Olivier-Faivre lors du Plan Maladies Rares 1. Elle s’est vu confortée par la création en 2011 d’une équipe de recherche EA4271 GAD au sein de l’Université de Bourgogne Franche-Comté, dédiée aux anomalies du développement puis par la labellisation en 2013 de la Fédération Hospitalo-Universitaire (FHU) TRANSLAD, un projet d’excellence de médecine translationnelle dédiée aux maladies rares avec anomalies du développement. Ce positionnement majeur a récemment été renforcé par la coordination de la filière de santé nationale AnDDI-rares, dédiée aux anomalies du développement et à la déficience intellectuelle de causes rares.

L’équipe du centre de génétique a mis à profit la révolution technologique du séquençage de nouvelle génération au service des patients et de la recherche sur les maladies rares, développant avec succès un programme d’identification de nouveaux gènes responsables de maladies rares et d’introduction à la génomique translationnelle tourné vers le transfert de ces techniques dans le diagnostic, avec notamment l’étude de ses implications éthiques et socio-économiques. Ce travail a permis de positionner le CHU de Dijon comme leader Français dans le transfert du séquençage haut débit dans le diagnostic des maladies rares. Une attention particulière a également été portée aux questionnements éthiques et socio-économiques, par le développement de supports d’information adaptés aux patients (plaquette d’information, consentements, film, blog), d’études des préférences et représentations des patients, d’études médico-économiques et de réorganisation des soins. 

Fort de son expérience en génomique clinique par l’utilisation des technologies de séquençage haut débit d’exome en recherche et de son positionnement de leader national dans son déploiement dans le diagnostic des maladies rares, l’équipe de génétique du CHU de Dijon ambitionne maintenant de faire de la médecine génomique une réalité clinique pour les patients avec des anomalies du développement rares, à travers un programme de recherche hautement intégré et multidisciplinaire, présenté en deux axes majeurs: (1) génomique clinique (2) génomique translationnelle. Ce projet est l’un des 6 axes majeurs de recherche du CHU de Dijon (cf. axe GAD du dossier HCERES en annexe).
L’axe dédié à la génomique clinique aura pour but de poursuivre l’ambition de participer à l’effort fixé par l’Europe, à savoir l’identification d’une large majorité des gènes responsables de maladies avec anomalies du développement. En effet, bien que des efforts significatifs dans la recherche de gènes au cours de ces deux dernières décades a mené à l’identification de milliers de gènes associés aux maladies mendéliennes, la moitié des individus avec des anomalies du développement sévères demeurent sans diagnostic génétique. Deux approches très complémentaires seront proposées, basées sur le séquençage d’exome et de génome, afin d’identifier de nouveaux gènes responsables de maladies : le « phenotype first » basé sur le phénotypage fin et la caractérisation de cohortes de patients atteints de syndromes rares avec anomalies du développement et le « genotype first » basé sur la partage de données génomiques de syndromes ultra-rares, combinées à des corrélations génotype-phénotype rétrospective. 
L’axe dédié à la mise en place de la génomique sera organisé autour de 5 sous-thèmes spécifiques complémentaires qui permettront d’accélérer l’implémentation de la médecine génomique dans les maladies du développement :
(1) Implanter le séquençage haut débit (SHD) de génome dans le diagnostic des maladies du développement. L’objectif sera d’implanter le SHD de génome comme le test de première intention pour le diagnostic des anomalies du développement hétérogènes et non diagnostiquées, localement et en France,
(2) Développer la bioinformatique appliquée au séquençage haut débit. L’objectif sera de concevoir et de valider intra muros des programmes informatiques et des les inclure dans les pipelines automatiques pour la détection précise de chaque type de modification génétique dans le génome humain,
(3) Ouvrir la voie de la médecine personnalisée. L’objectif sera d’explorer la faisabilité et l’impact d’intégrer des données de SHD de génome individuelles dans le soin de patients avec des maladies génétiques rares.
(4) Développer des projets de sciences humaines et sociales en lien avec les nouvelles technologies. L’objectif sera d’analyser et de comprendre les préférences, attentes et expériences des patients quant à l’utilisation des données génomique. Le projet étudiera également l’impact économique du SHD d’exome et de génome.
(5) Développer des essais thérapeutiques. L’objectif sera d’identifier des médicaments existants qui pourraient être des candidats potentiels pour le repositionnement de molécule et de proposer des essais cliniques spécialement conçus pour les maladies rares ou orphelines.

L'équipe ambitionne maintenant d'évaluer l’intérêt d’utiliser le séquençage du génome pour le dépistage néonatal, à travers le programme de recherche PERIGENOMED.